Uốn cong một chuỗi cặn trên một lưới để các đơn vị kỵ nước co cụm vào lõi bị chôn vùi - và ép năng lượng xuống mức tối thiểu đã được chứng minh.
Một protein được mô hình hóa như một chuỗi gồm các gốc kỵ nước (H) và cực (P) trên mạng 2D. Những người hàng xóm kỵ nước ngồi liền kề mà không được liên kết sẽ làm giảm năng lượng. Mục tiêu của bạn là gấp chuỗi sao cho dư lượng H tạo thành lõi nhỏ gọn và bạn đạt được năng lượng tối ưu.
Helixfold được xây dựng dựa trên mô hình gấp protein mạng cực kỵ nước cổ điển, biến việc tìm kiếm nếp gấp thành một câu đố.
Một chuỗi các gốc kỵ nước và phân cực trên một mạng lưới, nơi các tiếp xúc H-H không liên kết làm giảm năng lượng, là mô hình HP của gấp cuộn protein.
Chấm điểm trực tiếp theo năng lượng, thay vì theo độ giống với một hình dạng đã biết, là cách tiếp cận độc đáo.
Năng lượng là mục tiêu đúng vì đó là thứ tự nhiên tối thiểu hóa. Hiệu ứng kỵ nước đẩy các gốc không phân cực vào trong, và một mô hình chứa ít thứ khác ngoài điều đó vẫn tái tạo được lõi đặc mà các protein thực có — đó là lý do mô hình HP tồn tại như một công cụ giảng dạy và nghiên cứu.
Helixfold được xây dựng dựa trên mô hình gấp protein mạng cực kỵ nước cổ điển, biến việc tìm kiếm cấu trúc năng lượng tối thiểu thành một câu đố xúc giác. Đây là một trò chơi trình duyệt miễn phí, độc đáo với ba độ dài chuỗi và các chế độ luyện tập hàng ngày cộng với.